İlçemizin ilk çağlardaki adı 'Karya' daha sonraları da 'Menteşe' olarak anılır. Bölgeye ilk yerleşenler LELEKLER ve KARLAR'dır.

Tarihçi Heredot, Karyalılar İ.Ö. 5. yüzyılda Anadolu'da yaşadıklarını söylemektedir. İç Karya'nın zengin maden yatakları, ormanları, verimli toprakları, sahil şeridinin liman kurmaya ve ulaşıma müsait olması, Karya üzerinden saldırıları yoğunlaştırır. Persler, Lidya kralını esir alırlar. İ:Ö. 387'deki 'Kral Barışı' ile tüm Anadolu tekrar Perslerin yönetimi altına girer. İ.Ö. 334 yılında Büyük İskender, önce Halikarnasosu, sonra Muğla'yı Perslerden geri alır. İlçemiz 200 yıl Karya toprakları olarak kalır. Büyük İskender'in bölgeden çekilmesiyle Karya'da karışık dönem başlar. Roma İmparatorluğu 395 yılında doğu ve batı Roma olmak üzere ikiye ayrılır. Karya, Doğu Roma sınırları içerisinde kalır. 800 yılına kadar süren Bizans egemenliği, Abbasi halifesi Harun-u Reşid'in gelmesiyle noktalanır. Yörede ilk İslami etkiler yayılmaya başlar.

Anadolu 1071 Malazgirt zaferinden sonra, hızlı bir Türkleşme sürecine girer. 1075 yılında Kutalmışoğlu Süleyman Bey İznik'i alarak Anadolu Selçuklu devletini kurar. 1231 yılında Moğol imparatoru Cengiz Han'ın Harzem ülkesini istilası üzerine, burada yaşayan Türk boyları ülkelerini terk ederek Selçuklu hükümdarı I. Alaaddin Keykubat'a sığınırlar. I.Alaaddin Keykubad, KURİ Beyin oymağını, denizden gelecek saldırılara karşı koymak üzere Selçuklu sahil ordu komutanlığı emrinde, Milas sahillerine yerleştirir. Bu oymak burada hayvancılık ve tarımla uğraşır. Selçuklular Karya ve çevresini uç beyleriyle yönetmeye çalışırlar. Uç beyi olan Menteşe Bey, Oğuz Türkmen boylarındandır. Anadolu Selçuklu Devleti, 1243 yılında Köse Dağ Savaşında Moğollara yenik düşünce, Kuri Beyin torunu Menteşe Bey bu karışıklıktan yararlanarak bağımsızlığını ilan eder. Menteşe Beyliğini kurar. Menteşe beyinin adına istinaden bölgeye bu ad verilir.Menteşe Bey, karadan ve denizden batı Anadolu'yu kuşatarak, Karya bölgesini fetheder. Burası Batı Anadolu'da Türklerin eline geçen ilk bölgedir. Menteşe beyliği 1389 yılına kadar bağımsızlığını sürdürür. Daha sonra Osmanlı devletine bağlanır.

1402 Ankara Savaşından sonra, Ankara yöresindeki ahiler Moğol baskısından kurtulmak üzere Anadolu'nun çeşitli yörelerine dağılırlar. Ahi Ebubekir ve kardeşi Ahi Sinan cemaatiyle Menteşe bölgesine gelirler. Burada çoğalarak Ahiköy'ü kurarlar. 30 Ekim 1918 Antlaşmasıyla Osmanlı toprakları paylaşılır. Yöremiz İtalyanların işgaline uğrar. İtalyanlar 5 Temmuz 1921'de geldikleri gibi giderler.

Muğla İline bağlı etrafı dağlarla çevrili verimli bir ovaya sahip olan Ahiköy, eteğinde Yatağan dağının ismini alarak 1944 yılında ilçe merkezi olmuştur.

İlçemizin yüzölçümü 836,60 km2, denizden yüksekliği 373 m.dir. Aydın-Muğla ve Milas'a giden karayolları kavşağında olup, Muğla'ya 28 km, komşu il Aydın'a 79 km. uzaklıktadır. İlçemiz, yurdumuzun güneybatısında yer almaktadır. Denize kıyı şeridi yoktur. Kırsal karakter özelliğini taşır. İlçemiz Yatağan dağı'nın eteklerine serpilmiş Ahiler'in şirin bir kentidir. Kuzeyde Gökbel ve Yatağan dağı, Doğuda Göktepe dağları,güneyde Çukuröz köyünden başlayarak Ören'e (Milas) kadar uzanan Marçal dağı ve buna paralel giden Bağyaka köyünden başlayıp, Milas ilçe sınırına uzanmış Bencik dağları, Batısında Aldağ ve Kurukümes dağları ile çevrilmiştir.

Yatağan ilçe merkezinin güneyinde; Muğla-Ula, kuzeybatısında Çine ve Selimiye(Milas), batısında Milas, doğusunda Kavaklıdere ilçesi bulunmaktadır. İlçemizin, coğrafi koordinatları şöyledir Yatağan (Merkez) 37'20'31' enlem (Kuzey)28'08'24' boylam (Doğu)

Dağlar ve Ovalar:

Yatağan havzasında birbirinin devamı olan güneyden kuzey-batıya doğru meyilli tarıma elverişli iki kapalı havza halinde ovaları vardır. Bunlar 30 km2'lik Yatağan ovası, 50 km2'lik Kayırlı ovasıdır. İki havza Demir Köprü'de kesişir. Yatağan ovası, Kuzey-doğu ve güney-batısı 800 m. yükseklikte dağlarla çevrilmiştir. Yatağan ovası; Kocadere, Menteşe deresi, Kamış çayı, Bencik deresinden oluşur. Bu sulardan beslenir. Kayırlı ovası ise Ahiköy deresi ve Kayırlı derelerinden oluşur. Bölgenin en alçak rakamlı bölümü, Kayırlı ovası'nın kuzey bölümüdür. En yüksek rakım 1500 metreyi bulur. Kuzeyde Gökbel dağları (1412 m) Kayırlı ovasının doğusunda Yavat tepesi (550 m) bulunmaktadır. Bu tepenin hemen doğusunda (Cılk dağı 861 m) Daha da doğusunda Karagedik dağları (1600 m) mevcuttur. Yatağan ilçesinin hemen kuzeyinde Yatıgan tepesi (619 m) Kayırlı ovasının batısında Akdağ, Kurukümes dağları ve kuzey de Aldağ (750 m) yüksekliğindedir. Yatağan ovası geniş ve verimli arazi yapısına sahiptir. Toprak humuslu, killi ve kumludur. Yatağan ve çevresinde %60 yakın sulu tarım, yapılmaktadır.

Akarsular:

İlçemiz, tatlı sular bakımından önemli sayılabilecek bir potansiyele sahiptir.Çevre kirliğinden birinci derecede etkilenen, ekosistemin parçası olan akarsular; endüstriyel, evsel, tarımsal ve termik santralden kaynaklanan kirlenme neticesinde hem kullanımı, hem de debisi azalmaktadır. Aşırı derecede kirlenme neticesinde akarsularımız kendi kendini temizleyemez konuma gelmiştir. Akarsuda yaşayan canlıları da olumsuz yönde etkilenmektedir. Akarsuların doğal yapısını bozan diğer etmenler de, akarsuyun zemininden kum ve çakıl alınmasıdır.

           Menteşe Çayı; (Deştin Çayı) Göktepe sıra dağlarının kızıltepe yöresinde bulunan Kocadere, Kazandere ile beslenir. Deştin, Alişar kaynak sularıyla karışıp; Bozarmut, Madenler, Yatağan ovalarını sulayarak kaynağından 4,5 km sonra Çaykavusu mevkiinde Koru çayı ile birleşir.

           Girme Deresi Çayı; (Kapubağ Çayı) Bağyaka dağı eteklerinden Kozlu erek mevkiinden,doğmaktadır. Doğal su kaynakları bulunmakta olup; Bencik beldesi, Yayla ve Cazkırlar köylerinin ovalarını sulayarak Yatağan ovası Kamış Deresi mevkiinde Koru çayı ile birleşir.

             Pınarbaşı Çayı; (Koru Çayı) Bozüyük Mandal tepe eteklerindeki kayaların 80 metre derinliğinden doğar. Bozüyük ve Yatağan ovalarını suladıktan sonra Menteşe Çayı, Girme Çayı ile birleşerek Çine Çayını (Marsyas) besler, Büyük Menderes'e katılır.

            Dipsiz Çayı; Turgut yöresinden gelen Kayırlı deresi, Dipsiz bölgesinden çıkan yeraltı suyu ve akarsuların birleştiği noktadır. Yatağan ilçesi ve ilçeye bağlı beş köyün içme suyu buradan temin edilmektedir. Bu bölge piknik alanı olarak da kullanılmaktadır.

İklim ve Bitki Örtüsü

Yatağan ve çevresinde, belirsiz Akdeniz iklimi görülür. Yazlar sıcak ve kurak, kışlar ılık ve yağışlı geçer. Kış aylarının sert, yağışsız ve rüzgarlı geçtiği de görülür. Yağış oranları yıllara göre değişmekle beraber Kasım- Aralık ve Şubat-Mart aylarında yüksek yağış alır. En sıcak ayları Temmuz-Ağustos, en soğuk ayları ise Ocak-Şubattır. İlçemiz en çok yağışı Aralık, en az yağışı da Eylül ayında alır.

İlçemizin coğrafi görünümü, iklim ve toprak koşullarına göre şekillenen doğal bitki topluluğu ile çok çeşitli ve zengindir. Akdeniz ikliminin tüm etkileri ve bitki örtüsü de görülür. Kış aylarında dondurucu soğukların olmaması ve yaz aylarında da sıcaklık oranın yüksek olması bitkilerin büyümesine olumlu etki yapar. Kuraklığın çok belirgin oluşundan kurakçıl formasyonlar gelişmiştir. Bu bitki topluluğuna maki denir. Yüksek bölgelerde sıcaklık oranı düşük olduğundan, bu alan iğne yapraklı ormanlarla kaplıdır. Büyük çalı topluluklarına ve toprağın kalkerli olduğu bölgelerde ise otsu bitkilerden, adaçayı, kekik bol miktarda görülür. Aynı zamanda orman altı bitki türlerinden; böğürtlen, çıntar, sarmaşık, deve dikeni ve kuzu göbeği de görülür.

 İlçemizde, % 75 Kızıl çam, %19 Karaçam, % 5 Fıstıkçamı, %1 oranında Ardıç, radiata çamı, sedir ve meşe bulunmaktadır. Tali bitki örtüsü sistas, kekik, böğürtlen, çınar ve kavaktır.